La OIT está asociada y colabora con otros programas y agencias de la ONU en materia de cuestiones indígenas a nivel nacional. Tales actividades tienen como objetivo asegurar una mejor cooperación entre las agencias de la ONU sobre temas indígenas, y pueden tener la forma de actividades o aportes técnicos.
A continuación mencionamos algunos ejemplos de cooperación:
- Una asociación con la OMPI para apoyar un proyecto sobre conocimiento tradicional (Las voces maasai del patrimonio: documentar y proteger el patrimonio maasai).
- Colaboración y actividades conjuntas con la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos (ACNUDH) en Camboya para tratar la situación de los derechos a las tierras de los pueblos indígenas
- Colaboración con el ACNUDH para elaborar legislación nacional sobre los derechos de los pueblos indígenas en el Congo
En 2008, el Grupo de las Naciones Unidas para el Desarrollo elaboró las Directrices para la inclusión de los derechos de los pueblos indígenas en el trabajo de los equipos de las Naciones Unidas en los países.